في 8 نوفمبر1959 وفي تضحية نادرة قل ماعرف مثلها بين الأمم قبلت الحكومة السودانية إغراق المدينة في بحيرة السد العالي لتتمكن الحكومة المصرية من تشييده، وتم نقل معبد بوهينومعبدى سمنة شرق وغرب وكاتدرائية فرس منها إلى متحف السودان القوميبالخرطوم، كما تم تهجير أغلب سكانها النوبيين إلى منطقة حلفا الجديدة بالبطانة (شرق السودان). وقد ترك هذا الحدث اثرا مؤلما على النوبيين على جانبى الوادى، بعد ذلك صرح الفريق إبراهيم عبود حاكم السودان بندمه الشديد على موافقته تلك.
