خلال فترة ما قبل التاريخ (قبل 3100 قبل الميلاد)، وهي المنطقة التي تشمل المنيا الحديثة اليوم والأراضي المحيطة بها. وبقيت مستقلة عن الدولة حتى عصر مينا موحد قطرين مصر حوالي 3200 ق.م. في ذلك الوقت من توحيده، كانت مصر مقسمة إلى 42 أقليم. وكانت الإقليم 16 وتسمى أيضا اسم المها، وربما يرجع ذلك إلى انتشار المها، واحدة من أنواع الظباء التي تحول دون المنطقة.
ويرجع تسميتها الي ان كان اسمها في العصر الفرعوني مني بمعني (مرضعة فرعون) ثم سميت في العصر الإسلامي باسم منية ابن الخصيب لان تمني ان يحكمها حاكم اشتهر بالعدل يدعي ابن الخصيب ومع الوقت اختصر الناس الاسم ليصبح المنيا